Согласно устоявшемуся мнению учёных, отчасти поддерживаемому церковью Света, душа — это неотъемлемая часть живого существа, обладающего интеллектом. Чем продвинутее интеллект — тем весомее его душа, и потому считается, что у цивилизованных существ (пони, драконов и т.д.) души самые большие. Животных, обладающих самыми большими душами, считают дельфинов и приматов. Как именно душа взаимосвязана с интеллектом и какую роль она выполняет для последнего, неизвестно, но отделить эту загадочную нематериальную частицу от живого организма так, чтобы он не пострадал, не удалось ещё никому. На принципе этого разделения основаны все наносящие магический урон заклинания: потоки магии (например, магический огонь) разрушают эфирную оболочку души жертвы, а не её физическое тело, и приводят её к смерти.

Душа делится на две составляющие: неразрушимый вечный элемент и его оболочку, также именуемую современными философами как "бессознательное". Неразрушимый невидимый элемент приходит к зарождающейся жизни с неба и в небо возвращается после смерти, а оболочку обретает, заимствуя, как правило, часть от родительской души и укрепляя её в в течение жизни. Учёные считают, что именно вечный элемент руководит или руководствуется интеллектом во время жизни, а оболочка несёт в себе астральную подпитку интеллекта, с помощью которой новорожденным внедряется опыт прошлых поколений, инстинктивные привычки и необходимые знания, в процессе жизни накопленные родительской оболочкой. После смерти, отделившись от вечного элемента, оболочка растворяется в эфирных слоях атмосферы и участвует в круговороте магии в природе. В рождении души пони отцовская оболочка не играет роли, только материнская.

Среди некоторых ученых существует недоказанная теория о существовании призраков, появившихся в виду аномалии при которой после смерти вечный элемент сохраняет свою оболочку, образуя астральный разум со способностью контролировать потоки магии и представать перед живыми посредством иллюзорных проекций.

Школа магии душ, которой в совершенстве владеет Королева Теней, основана на принципе использования концентрированной, мощной магической энергии, вырабатываемой из душевных оболочек до их растворения в эфире.